La estabulación del ganado se convirtió en el pilar del nuevo sistema ganadero, ya que implicaba la acumulación de estiércol, permitiendo abonar los campos y aumentar su productividad de cara a una mejor alimentación del ganado.
Con los años los pasiegos, y a través de una selección de sus animales, consiguieron una raza de vaca adaptada perfectamente al territorio pasiego, además de tener un coeficiente muy alto de grasa casi del 5%, lo que hacía que la leche de estas vacas fuera la ideal para la elaboración de sus derivados. La vaca pasiega autóctona era muy apreciada dentro y fuera de esta comarca. Debido al color rojizo de su pelo, eran también conocidas como rojinas, un animal de escasa alzada, formas esbeltas, pecho amplio, buena trasera, cuello largo, cabeza pequeña, ojos vivos y cornamenta fina, parecida a la de la raza Tudanca. Pero a pesar del gran aprecio que por esta raza pasiega se sentía, y de que daba una leche muy rica en grasa, a mediados del siglo XIX, la cantidad de litros que producían se quedaban escasa ante una demanda que había crecido considerablemente, debido al gran aumento demográfico experimentado en las grandes ciudades en las primeras décadas de dicho siglo. Fue entonces cuando algunos pasiegos que habían instalado sus vaquerías cerca de las grandes urbes como Santander, Madrid, Barcelona o Zaragoza, se dieron cuenta de que la vaca pasiega no era la más adecuada para la producción de leche y comenzaron a importar vacas de fuera.

En la década de los 60 y los 70 introdujeron la raza Suiza y la Frisona holandesa respectivamente, las llamadas razas pintas, que producían 4 o 5 veces más leche que las autóctonas. Al principio las importaciones eran esporádicas, pero, debido a la enorme demanda de leche por parte de industrias lecheras que comenzaban su andadura, como fue el caso de la NESTLE en 1906, la vaca frisona se comenzó a importar de forma masiva y, antes de que hubiera terminado el primer tercio de siglo XX, ya la habían adaptado a las particulares condiciones orográficas de la comarca, sustituyendo a la raza pasiega autóctona provocando su extinción.
A partir de este momento los pasiegos se dedican en exclusiva al ganado vacuno, hasta entonces habían tenido como complemento a las vacas algunas cabezas de ganado ovino y caprino, pero con la entrada de la frisona desaparecen casi por completo.

Hoy en día, la preponderancia de la ganadería vacuna aún es apreciable en la zona, pero junto a ella se observa una recuperación de la ovina, a la que nos podemos encontrar pastando en rebaños de cierta importancia. Parte de la responsabilidad de este cambio de tipo de res, la tienen las subvenciones oficiales destinadas a potenciar la producción de carne ovina para hacer frente a la restricción lechera impuesta por la CEE.