Las razones de la paralización de las obras en 1959 eran varias, por una parte estaba el Plan de Estabilización Nacional impuesto por el Franquismo, un antecedente suyo había llevado a la nacionalización del Santander-Mediterráneo en 1941 propiciando la continuación de las obras. El Plan pretendía industrializar la España de la Posguerra mediante la intervención económica del Estado, pero tras generar una escandalosa corrupción económica, había derivado en una serie de actuaciones orientadas a reducir la inflación y a modernizar la economía liberando el comercio exterior; recortes en la inversión pública, devaluación de la peseta; congelación de salarios; reforma tributaria; la famosa Ley de Convenios Colectivos… Varias de ellas afectaban a la inversión del Estado, por lo que se acordó congelarla. A parte de todo este “efecto dominó” gran parte de la culpa es de la presión ejercida por Bilbao ante un proyecto que le perjudica y de la falta de apoyo por parte de la Diputación de Zaragoza, pasiva ante las disputas. El caso de Bilbao es claro, ya se había opuesto al proyecto del Ferrocarril del Meridiano por miedo a que parte de su importancia como puerto se desplazase hacia Santander en detrimento de sus intereses
Como hemos podido ir viendo, la realización de la línea está repleta de incoherencias y continuos cambios de criterio. A pesar de que la idea original era el enlace Santander-Valencia, nunca se consiguió acordar un servicio combinado con la Compañía Central de Aragón para posibilitar siquiera un Burgos-Valencia. Tan sólo se consigue una vez, en 1930, con el denominado Tren Fallero.
Otra gran paradoja es que tan sólo en raras ocasiones un mismo tren hacia seguidos los 366 Km. de recorrido del primer tramo, pues el recorrido Burgos-Cidad Dosante, al encontrarse sin continuación a Santander era de un uso menos frecuente, e incluso llegó a perder su enlace sincronizado con el resto del camino a Calatayud.