La Compañía quería hacer emisión de Obligaciones sobre la garantía que iba percibir a la conclusión de las obras para así no tener que adelantar el dinero, pero chocó con la emisión de una Deuda Ferroviaria por parte del Estado, que era mucho más atractiva de cara a los ahorradores españoles. Al final se consiguió que en vez del disfrute del interés de garantía por tramo abierto, la Compañía recibiese de manos del estado una serie de subvenciones. El proyecto se reformó en 1927, con una reducción de un 22% en el presupuesto y de 50 años en la concesión (plazo de amortización de la Deuda Ferroviaria con la que iba a pagar el Estado). El Estado fue sumamente beneficiado con este nuevo pacto económico, anteriormente debía pagar 17 millones al año (la garantía de 100 años a un interés del 5% de los 343 millones del presupuesto de la obra), mientras que ahora, con el descuento, debía pagar unos 14 millones al año. El Estado se había ahorrado unos 1.000 millones de pesetas.

Pero las subvenciones a menudo quedarían en suspenso durante largo tiempo, provocando un deterioro en las relaciones entre el Gobierno y la Compañía, así como una grave crisis económica dentro de ésta última. Por otra parte, el hecho de que la Compañía se crease con capital y técnicos extranjeros, hizo que fuera muy débil con respecto a los ingentes capitales de grandes bancos encargados de financiar las líneas ferroviarias en el siglo anterior. El Estado abusó hasta el límite de que en el mismo Decreto-Ley que creaba Deuda Ferroviaria del Estado, se reservaba el derecho de estudiar un nuevo trazado alternativo a El Astillero-Ontaneda (artículo 3º), algo lógico a tener en cuenta las distintas anchuras de vía, pero nada rentable para la compañía ferroviaria, la cual debería afrontar los nuevos gastos. Así mismo, una cláusula especificaba que el nuevo trayecto debía definirse como mucho en dos años, pues si no se llevaría a cabo la primera alternativa. Pero este punto no se respetó pues el Ministerio de Obras Públicas se demoró trece años y medio en presentar su decisión, concretamente fue en Marzo de 1941. El Santander-Mediterráneo ya no pasaría por Ontaneda.

Todo se agravó con la inestable situación política que vivió nuestro país en estos años, la Guerra Civil devaluó la peseta y, en este contexto, la compañía inglesa entró en una profunda crisis. Finalmente la solución llegó en 1941, cuando los ferrocarriles españoles de vía ancha se nacionalizaron pasando a depender de la recién creada RENFE.