El 1 de Enero de 1985 una orden ministerial provocó la clausura de más de 1.000 Km. de vía en España, bajo las alegaciones de mala gestión y de abandono en su mantenimiento. El Santander-Mediterráneo se cerraba casi por completo al tráfico sin ningún tipo de plan de conservación. A pesar del imperdonable abandono por parte de las autoridades pertinentes, la infraestructura no deja de ser reutilizable a base de ciertas reformas. Incluso el tramo inconcluso Valdeporres-Boo se encuentra perfectamente allanado en casi toda su trayectoria, con trincheras, puentes, túneles y distintas obras, algunas de gran envergadura, como sus nueve estaciones. De los 63 Km. de este tramo, 35 estaban ya con infraestructura, es decir que de los 429’555 Km. de trayecto realmente sólo faltaban 28 Km. por construir. Los tramos de la zona norte de la línea han estado siendo desmantelados desde julio de 2.003, pero no es ningún obstáculo, pues en caso de reutilización también habría que proceder a ciertos cambios y modernizaciones.

A lo que pretendemos llegar es que el presupuesto de esas reformas a las que nos hemos referido anteriormente para la terminación y apertura de la línea, no significaría un reembolso desorbitado y facilitaría un nuevo acceso a nuestra “aislada” Comunidad y un punto de fuga para las comunidades implicadas en el proyecto. Es por ello por lo que estas provincias virtualmente enlazadas con el Santander-Mediterráneo, en ocasiones presentan estudios e informes demostrando la posibilidad tanto técnica como económica de la reactivación y conclusión del proyecto. Pero también es cierto que, por diversos motivos, como el uso masivo de los coches, el ferrocarril no es un medio de transporte de grandes beneficios por lo que ante un posible resultando poco rentable, se han propuesto nuevos proyectos capaces de recoger parte del esfuerzo anterior.

En Julio de 2001, se celebró una reunión que pretendía que el Ministerio de Fomento realizara un estudio sobre la viabilidad de poner en servicio el túnel de La Engaña como carretera. Es una postura defendida desde Cantabria y muy especialmente por Miguel Ángel Revilla, líder del Partido Regionalista Cántabro (PRC), y Presidente de la Comunidad Autónoma desde el año 2003. El proyecto se cifró entre 40 y 45 millones de Euros. Por otra parte están aquellos que opinan que lo mejor sería darle el uso para lo que fue creado, es decir, como ferrocarril de unión con el Mediterráneo. Estos últimos alegan sobre todo razones de seguridad, pues en los últimos años ha habido graves accidentes de tráfico en distintos túneles de Europa además de la menor inversión que supondría el acondicionamiento para el ferrocarril, pero en cualquier caso reivindican una utilización y si no es sobre raíles que lo sea sobre asfalto.

Cabe mencionar otra de las polémicas que ha suscitado esta antigua línea en base a la posible utilización de la misma, para surtir al puerto de Bilbao a través de una conexión con el Santander-Mediterráneo a la altura de Trespaderne, una controvertida desviación que tubo que hacerse en la antigua construcción del trazado a petición expresa del Estado mediante Decreto Ley, aún suponiendo un desvío en el itinerario más lógico y una cota mucho más baja de cuantas la rodean, provocando importantes desniveles en el curso de la línea. Pues bien Bilbao, a cuya ciudad iba destinada tal irregularidad en Traspederne, ha solicitado en varias ocasiones el estudio de tal empalme desde los años ’30, una posible opción que sin lugar a duda molestaría al Gobierno de Cantabria, quien se merece más que nadie el aprovechamiento de una obra por cuya terminación lleva luchando desde hace más de un siglo.

Por otro lado, el Ministerio de Medio Ambiente está valorando la Declaración de Impacto Ambiental del Estudio Informativo del tramo de Alta Velocidad Calatayud-Soria, el cual coincide con el del Santander-Mediterráneo. Este es el paso previo a la realización de los proyectos constructivos por parte del Gestor de Infraestructuras Ferroviarias (GIF), al que se le encomendó la construcción en diciembre de 2002. La longitud del tramo es de 95 kilómetros y el presupuesto estimado para la ejecución de las obras asciende a 134,28 millones de euros, mucho más de lo que costaría remodelar la línea completa de su antecesor. Formará parte del Corredor Noroeste y se apoyará en la línea Madrid-Zaragoza-Barcelona-Frontera Francesa, en Calatayud se realizará la conexión de la Línea de Alta Velocidad (LAV) entre Madrid y Soria, de manera que el tiempo de recorrido se verá reducido a 1 hora y 50 minutos. Se han estudiado cinco alternativas de trazado para aprovechar lo mejor posible la antigua línea Santander-Mediterráneo, optando por la denominada Segunda Alternativa: se inicia en la estación de Calatayud y tras pasar sobre las vías de ancho normal español sigue el trazado de la antigua línea hasta cerca de Clarés de Ribota para luego incluir ciertas mejoras en 12 kilómetros y aprovechar el trazado por la Sierra de Bigornia, para mejorarlo de nuevo entre Tordesalas y Soria.